Ecouter son corps.2

**Votre nombril héberge 2.368 bactéries !

Ces étranges bactéries qui colonisent les nombrils

Des chercheurs américains se sont lancés dans le projet d’étudier les bactéries qui colonisent les nombrils humains.                 

Le nombril n’est plus une terre inconnue pour la science. Des chercheurs de l’université de Caroline du Nord ont décidé de répertorier toutes les espèces bactériennes qu’il peut héberger. La pêche s’annonce plutôt bonne: 2368 espèces différentes ont été repérées dans les échantillons prélevés avec des cotons tiges sur seulement soixante personnes. «C’est déjà deux fois plus que le nombre d’espèces d’oiseaux ou de fourmis en Amérique du Nord», notent les auteurs de l’étude publiée en ligne dans la revue Plos One.

Parmi toutes ces espèces, beaucoup ne peuvent être cultivées en laboratoire. Elles sont identifiées en tant qu’espèces à partir de leurs séquences génétiques. Ces chercheurs se sont lancés dans le séquençage du génome du nombril, avec beaucoup moins de moyens (et d’ambition) que ce que d’autres équipes dans le monde ont fait pour l’intestin ou la peau.

Les chercheurs sont déjà en mesure d’affirmer que la grande majorité des bactéries ombilicales sont rares et se rencontrent chez un petit nombre d’individus. Sur les 2368 identifiées, plus de 2100 sont présentes dans moins de 10 % des échantillons et souvent sur un seul d’entre eux.

Une grande diversité écologique

Seules huit espèces sont présentes chez 70 % des individus. Ce sont des bactéries de la peau bien connues comme les staphylocoques, les actinomycètes et les clostridiales. Elles sont très abondantes puisqu’elles représentent près de 40 % de la totalité des micro-organismes. Elles constituent les «oligarques» de l’écosystème ombilical selon l’expression utilisée par les spécialistes des forêts tropicales.

La diversité écologique des nombrils est très inégale. Cela va de la plaine de la Beauce avec 29 espèces pour un seul nombril, à la forêt amazonienne avec une centaine. La majorité tourne autour de 67.

L’équipe de Robert Dunn a eu la surprise de trouver trois archéobactéries (on dit maintenant des archées) dans l’échantillon prélevé sur un homme qui ne s’était pas lavé le nombril depuis plusieurs années. «Ce type de personnes est sans doute plus représentatif de l’état où se trouvait le corps humain avant que le bain devienne une habitude», souligne Robert Dunn sur le blog de la revue. De même ils ont trouvé chez un des chercheurs une bactérie du sol assez rare, présente seulement au Japon.

Le projet de séquençage du génome du nombril lancé par le laboratoire de Caroline du Nord est né au cours d’une réunion destinée à intéresser le public à la science. De fil en aiguille, il a pris de l’ampleur. Plus de 2000 échantillons ont été analysés à ce jour. Un site Internet a été créé. Les chercheurs espèrent comprendre un jour pourquoi il existe une telle diversité bactérienne dans les nombrils mais il est trop tôt pour savoir s’il y aura des retombées ou pas. On sait que les bactéries de la peau jouent un rôle important dans la défense contre les pathogènes mais on ne sait rien sur le nombril. «Ce type de travail fait plus pour faire connaître la science que la vulgarisation classique. C’est fascinant», estime Michael DuBow, de l’université Paris Sud.* Le Figaro-le 14/11/2012

**Le nombril, une  jungle bactérienne

Objet d’étonnement pour les enfants, mais également pour les chercheurs les plus chevronnés, le nombril est le terrain de chasse d’une équipe d’écologues conduite par Jiri Hulcr, de l’université d’État de Caroline du Nord (États-Unis). Ils ont ausculté le ventre de soixante volontaires pour décrire la vie foisonnante abritée par leurs nombrils. Le but de ce projet participatif intitulé Bell Button Biodiversity : décrire la diversité des bactéries qui nous colonisent.

Les biologistes s’intéressent de près aux bactéries qui vivent en symbiose avec leur hôte humain. Par exemple, le microbiote intestinal (plus connu sous le nom de flore intestinale) rassemble environ 100 000 milliards de bactéries, soit dix fois le nombre de cellules constituant le corps humain, pour une masse totale voisine de deux kilogrammes. Le zoo bactérien hébergé par notre intestin constituerait ainsi le plus gros « organe » humain, devant le cerveau avec ses 1,4 kg. Les bactéries qui colonisent notre tube digestif, mais aussi notre peau, jouent en effet un rôle essentiel dans le fonctionnement de notre organisme : elles assurent la synthèse de certaines vitamines, participent à la digestion de fibres ou contribuent encore à notre système immunitaire. Ces propriétés reposent notamment sur la biodiversité des écosystèmes bactériens. Dans la même veine, les chercheurs américains ont voulu recenser les différentes « espèces » bactériennes qui vivent dans nos nombrils (on préférera le vocable de phylotype pour décrire les bactéries).

Le nombril de chaque volontaire a été échantillonné à l’aide d’un coton tige, pour y récolter les bactéries qui y ont trouvé place. Puisqu’il n’est pas toujours possible de les cultiver en laboratoire (même si le site www.wildlifeofyourbody.orgabrite une belle galerie de boîtes de Petri couvertes de colonies bactériennes, dont celles recueillies dans les nombrils des auteurs de cette étude), les microbiologistes ont décrit l’ensemble des phylotypes bactériens grâce à leur matériel génétique (plus de détails sur ces techniques dans un précédent article, Bactéries 1 -WC 0).

Les chercheurs ont ainsi discerné près de 2 400 phylotypes différents, soit deux fois le nombre d’espèces d’oiseaux présents en Amérique du Nord. Parmi cette grande biodiversité bactérienne des nombrils, les biologistes ont détecté trois archées : ces micro-organismes n’avaient jamais été observés sur une peau humaine, plus habitués aux milieux extrêmes comme les geysers. Mais, précisent les auteurs, « deux de ces trois phylotypes étaient issus d’un individu qui a déclaré ne pas s’être lavé depuis plusieurs années« …

Seules 23 phylotypes bactériens sont présents chez plus de la moitié des individus sondés : ces bactéries, présentes en grand nombre chez la plupart des hôtes, sont appelées « oligarques », un terme utilisé pour décrire les espèces prépondérantes dans les forêts tropicales, qui hébergent elles aussi des écosystèmes d’une grande biodiversité. Ces oligarques sont de plus assez proches d’un point de vue phylogénique, ayant probablement évolué conjointement pour s’adapter à cet environnement particulier. À l’opposé, les nombreux phylotypes rares (en nombre et en fréquence) seraient sans doute présents de façon transitoire, apportés par les vêtements par exemple. Si le bouillonnement bactérien du nombril vous a passionné autant que les chercheurs américains, vous suivrez avec enthousiasme le nouveau projet de leurs collègues, qui explorent cette fois-ci l’horizon enchanteur… de nos aisselles ! **La science infuse.

Source : J. Hulcr et al., A Jungle in There: Bacteria in Belly Buttons are Highly Diverse, but Predictable, PLoS ONE, 7 novembre 2012.

*********************************************